孕妇感染沙眼衣原体可引起早产、低出生体重和胎膜早破。如未经有效治疗，可传播给胎儿或新生儿，新生儿感染沙眼衣原体可发生新生儿眼炎和肺炎。传播途径主要是围生期传播，分娩时新生儿通过子宫颈而被感染。是否经胚盘传播尚未清楚。
新生儿肺炎：新生儿衣原体肺炎通常在3~16周龄发生，大多在6周时得以诊断。表现为咳嗽，为间隔时间短、断续性咳嗽。伴有鼻塞、流涕，常不发热。体检见呼吸急促．呼吸频率50~70次／分钟。可闻及湿啰音。胸片示肺扩张，有弥漫性间质性浸润和局灶性肺泡性浸润D实验室检查有血清IgG、IgA水平升高，血嗜酸性粒细胞增多。咳嗽及呼吸急促常持续数周，啰音和胸片异常则可持续1个月以上。部分患儿可表现为支气管炎，而非肺炎，主要表现为喘鸣及支气管扩张。
新生儿结膜炎：常在生后5~12天出现症状。临床表现从无病痛至严重的化脓性结膜炎。最初有黏液性分泌物，并进行性加重，趋向脓性分泌物。眼睑水肿，睑结膜弥漫性红肿，球结膜出现炎症，有乳头状增生，主要在上睑板。如病程持续，则常可在3。6周时出现淋巴状滤泡。如未治疗，活动性感染可持续3~12月之久。
