1.性质不同:真核生物有核膜被，而原核生物没有。2.结构不同:真核细胞有核膜和各种细胞器，而原核细胞没有核膜和细胞器，只有核糖体。3.基因存在于不同的位置:真核生物的基因存在于细胞核、线粒体和叶绿体中，而原核生物的基因主要位于类核体和质粒中。
4.不同的分类:真核生物分为动物、植物和真菌，而原核生物包括细菌、蓝细菌、衣原体、支原体、立克次体、放线菌等。5.不同于蛋白质结合:真核生物细胞核中的DNA与蛋白质结合形成染色质/染色体；但原核生物的DNA是裸露的圆形，一般不与蛋白质结合。
原核生物和真核生物的区别
原核生物是指一类细胞核被核膜包围，只有被称为核区的裸DNA的原始单细胞生物。它包括细菌、放线菌、立克次体、衣原体、支原体、蓝细菌和古细菌。都是单细胞原核生物，结构简单，个体微小，一般1 ~ 10 m，只有真核细胞的十分之一到万分之一。
真核生物是所有细胞有细胞核的单细胞或多细胞生物的总称，包括所有动物、植物、真菌和其他被膜包围的具有复杂亚细胞结构的生物。真核生物和原核生物的根本区别在于，前者细胞有细胞核，细胞核以核膜为界，所以以真核生物命名。
