泡沫箱种菜是有一定的危害的，随着泡沫箱在室外的时间、种植时间的加长，一些外界因素会改变泡沫箱的外部材料性质，像日晒、风水、空气污染等等，这样就有可能会释放出一些有害物质，因此，不建议长时间使用泡沫箱种菜。
一般情况下，如果短时间使用泡沫箱种菜，在使用泡沫箱种菜的时候不要选择劣质的废弃泡沫箱；如果泡沫箱以前装过化工用品，箱体本身沾染了有害成分，就更不能选择了；另外，也不建议长时间循环使用，尤其是经常在外面阳台上日晒的箱子，要及时更换。
泡沫箱种菜是有一定的注意事项，在用泡沫箱种菜时，首先要测量好阳台或是天台和泡沫箱的尺寸，规划安排好各个泡沫箱的空间位置。如果种植的蔬菜有一定的耐涝能力，或是箱子比较深，则可以把消水孔打在泡沫箱的侧面中下方，这样可以在箱子底部储存一定的水分，让蔬菜不容易致旱，又不容易涝死。
