男性非淋菌性尿道炎潜伏期l~3周，临床表现为尿道黏液性或黏液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状。也可无自觉症状而仅出现脓尿，或尿道拭子涂片有阳性发现。
男性非淋菌性尿道炎的并发症主要有前列腺炎、附睾炎、精囊精索炎。
非淋菌性前列腺炎：一般称支原体和衣原体所引起的前列腺炎为非淋菌性前列腺炎。在男性非淋菌性尿道炎中有50%~60%的患者并发前列腺炎。尤其是后尿道感染中，支原体或衣原体可通过前列腺管而直接进入腺体，导致前列腺部位急、慢性炎症。临床表现为尿频、尿急、尿痛及尿道口有白色分泌物溢出，会阴部坠胀不适、疼痛。诊断要点：①发病年龄为20-40岁青壮年，常有尿频、尿痛、尿道口有分泌物。②下腹、会阴、阴囊坠胀不适，腰痛。③性功能障碍、性欲减退或消失、射精痛、血精、阳痿、遗精、早泄及不育等。④精神症状有情绪低落、头晕、眼花、乏力、失眠、精神抑郁等。⑤肛诊：前列腺有不同程度的压痛。⑥实验室检查：前列腺液白细胞》10个/HP，或脓细胞、白细胞成堆成团，卵磷脂小体减少或消失，前列腺液培养可找到支原体或衣原体。
附睾炎：在男性患者中，非淋菌性尿道炎如未治疗或治疗不当，沙眼衣原体感染可进一步引起附睾炎。35岁以下的性活跃男性中，附睾炎的主要病因是沙眼衣原体和淋球菌。在35岁以上的男性中，附睾炎主要是大肠杆菌等革兰阴性菌。附睾炎的临床表现是一侧的附睾疼痛、肿大、有触痛。炎症明显时，阴囊表面的皮肤充血、发红、水肿。有的患者并发睾丸炎，阴囊明显肿胀、潮红、剧痛，输精管变粗。
