维生素B6以三种形式而存在，三种形式均具有维生素B6的生理功能。其主要生理功能如下：
参与氨基酸的代谢：维生素B1作为辅酶在体内的氨基酸代谢中发挥着重要作用。5一磷酸吡哆醛是催化许多氨基酸反应酶的辅助因子，目前已知有1 00种左右的酶依赖磷酸吡哆醛，包括作用机体蛋白质代谢的酶，如转氨酶、脱羧酶、消旋酶和脱水酶等。
参与糖原与脂肪酸的代谢：5一磷酸吡哆醛也是糖原磷酸化酶反应中的辅助因子，直接参与催化肌肉与肝脏中的糖原转化反应；还参与亚油酸合成花生四烯酸和胆固醇的合成与转运。维生素B6还是6一氨基一酮戊酸合成酶的辅助因子，该酶催化血红素生物合成的第一步。
参与一碳单位代谢：一碳单位是指体内代谢过程中某些化合物分解代谢时生成的含一个碳原子的基团，如甲基、亚甲基等。维生素B1是参与一碳单位代谢的丝氨酸羟甲基转氨酶的辅酶，因丽影响核酸和DNA的合成，亦可影响同型半胱氨酸转化为蛋氨酸。一碳单位代谢障碍可造成巨幼红细胞性贫血。
参与烟酸的形成：在色氨酸转化成烟酸的过程中，其中有一步反应需要5一磷酸吡哆醛的酶促反应。因此，当肝脏中5一磷酸吡哆醛水平降低时会影响烟酸的形成。
维生素B6与免疫功能：近来的研究显示，5一磷酸吡哆醛可通过参与一碳单位的代谢而对免疫功能产生影响。机体缺乏维生素B6将会影响DNA的合成，这个过程对维持免疫功能是重要的。
维生素B6与神经系统：神经系统中涉及5一磷酸吡哆醛参与的使许多神经递质水平升高的酶促反应。例如5一磷酸吡哆醛能催化谷氨酸变成了一氨基丁酸。了一氨基丁酸为中枢神经系统的抑制性递质，具有抑制或调节兴奋状态的作用，有某种程度的抗惊厥和减少脑电图异常改变的效能。
维生素B6与心血管系统：最新研究表明，体内高半胱氨酸是引起高血压、心脏病的原因之一。而维生素B1可以促进半胱氨酸的分解，从而减少心血管疾病的发生。
