取卵是在注射了人绒毛促性腺激素的35-36小时内进行。过早或过迟取卵都会影响卵的取出率和取出卵的质量。过早可能会使卵子未能完全成熟，有较多的未成熟卵，而过迟有可能使一些大卵泡排卵，因而取不到卵。
取卵是一个小手术，可以是在全身麻醉下或是在局部麻巢下进行。经阴道超声仪引导，将取卵针穿过阴道，直达卵巢吸取卵子后，实验室人员立即在显微镜下将吸到的卵子移到含有胚胎培养液的培养皿中，置于37℃的培养箱中培养。由于阴道内超声波吸入术是一种小手术，有些医生为了让患者节约费用只使用止痛药而不使用全身麻醉。
一般取卵时间在30分钟之内。患者取卵后只有轻微的疼痛和极少量的出血，休息1-2个小时就可以回家，不会影响日常工作和生活。由于卵泡大小不一，因此取出的卵子的成熟阶段并不完全一致。有的可能是未成熟的，而有的可能是过成熟的。刚取出的卵周围被卵丘细胞所包围，一般可以通过这些细胞的扩张程度判断出卵子的成熟情况。但是，要知道它们的准确成熟阶段，必须将这些细胞与卵子分开。一般说来，可发现有以下几种卵子：
1、成熟卵：透明带下的卵周隙内有一个小的细胞，叫做第一极体，它是由卵子释放的。第一极体的释放是卵子成熟的指标。
2、未成熟卵：有两种不同时期的未成熟卵。一种是在透明带下的卵周隙内没有第一极体，但卵子内有一个明显的核，叫做生发泡，这种卵叫做生发泡期卵，这是最早期的未成熟卵。另一种是卵子的卵周隙内没有第一极体，卵子内也没有一个明显的核，这是处于生发泡期卵和成熟卵之间的未成熟卵。未成熟卵是不能用于受精的，必须等到它们完全成熟后才能用来受精。
3、过成熟卵：卵子成熟后必须受精。从卵子成熟到受精之间的时间一般是5-6个小时。如果在这个时间段内未能受精，卵子将会开始老化，最后死亡。由于卵子取出的时候卵泡大小不一，卵子的成熟阶段也就不可能在同一个时期。如果用时间过长，或卵子在受精前的体外时间过长都会使卵子过成熟。虽然过成熟卵能够被受精，但是由它产生的胚胎质量将会很差，胚胎移植后很难怀孕。
4、异常卵：有些卵从体积上看要比正常卵大许多，卵周隙内有两个第一极体，这样的卵的染色体是异常的，通常有两套染色体，因此是不能用来受精的。有的卵可能在成熟的某一阶段细胞内有异常的形态，如空泡、质地变黑等，这些都是卵子质量不好的标志。
至此，取卵程序结束，医者会将冷冻的或新鲜的精液取出，进行受精，植入想要怀孕的女性体内，最终在母体子宫内发育成熟。
