胚胎发育的原因
胎儿发育第3周，在头端原口腔周围形成5个突，上中部为不成对的额鼻突，下侧为2个上颌突，上颌突下侧为2个下颌突。胎儿发育第5周，下颌突在中部融合形成下唇和下颌骨。同时额鼻突在左右上颌突之间延伸，其下端分为一个中鼻突和两侧两个侧鼻突。中鼻突在胎儿第6周继续向下延伸，下端分为两个球根状突。球根状突与鼻侧突之间有一个凹槽，为鼻窝；鼻窝以后会发育成鼻孔。胎儿发育第7周，两个球根状突起在中线处相互融合，形成上唇(中唇)的中间三分之一、鼻小柱和前颌骨。同时上颌突已延伸至中线，并与上方的侧鼻突融合，形成鼻侧和面颊；下部与球根状突起融合，形成上唇两侧和鼻孔底部的1/3。中鼻骨突和上颌骨突也同时伸入口腔。中鼻突垂直向后形成鼻中隔，上颌突水平向中线两侧形成腭突。腭突在胎儿第七周与前颌骨融合。第10周左右腭突在中线处相互融合，并与鼻中隔融合。此时口腔与左右鼻腔完全分离。一般认为唇裂是由于中鼻突下端的球根突未能按时(胎儿第7周)与上颌骨突融合所致，而先天性腭裂是由于两侧腭突未能按时(胎儿第10周)与彼此及鼻中隔融合所致。至于导致整合失败的因素，目前尚不清楚，可能与遗传、营养、内分泌或感染、创伤等有关。
孕妇缺乏维生素A和B会导致新生儿先天性腭裂。
专家指出，吸烟、饮酒等不良习惯，以及食物中缺乏叶酸(属于维生素B族，用于治疗营养性贫血和口腔炎性腹泻)和维生素A、B，可导致新生儿先天性唇裂、腭裂等头颈部畸形。
叶酸是维生素B的一种，是细胞制造过程中不可缺少的营养素。服用适当的叶酸可以预防先天性唇腭裂，但应在医生的指导下使用。
如果母亲患有唇腭裂，其子女的发病率高达15%；如果父亲有唇腭裂，孩子的发生率是5%。据研究，如果出生了一个重度唇腭裂的婴儿，那么第二个婴儿唇腭裂的概率为5%；如果唇腭裂不严重，3%的婴儿有第二唇腭裂。近亲子女发生率较高。
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