小儿营养不良发生的原因可分为两类，即先天因素和后天环境因素。
先天因素
先天因素中主要有母亲孕期营养不良或由于其他各种原因引起的新生儿体重低下以及早产等，同时还有影响婴儿摄取食物的先天性消化道畸形，如唇裂、腭裂、肥大性幽门狭窄或贲门松弛等。其次还有消化功能不健全如各种酶缺乏所致的肠吸收不良综合征等。
后天环境因素
后天环境因素主要有以下两方面：
1．长期饮食不平衡，蛋白质、热量等供给不足
这类小儿，婴幼儿时期家长缺乏喂养知识和技能，吃不饱、吃不好。如母乳不足，进行人工喂养时奶粉调配过稀，不按时添加必需的辅助食物，骤然断奶，喂婴幼儿吃的食物品种过于单调以及数量不足等，从而不能满足小儿生长发育的需要。另外，还由于小儿有不良的饮食习惯，如乱吃零食，挑食、偏食，边吃边玩等致使食欲不佳，有时还产生厌食而导致营养不良。此外，小儿精神紧张、焦虑、忧郁，思想上压力重，也会使食欲不佳，对进食不感兴趣，吃的饭菜也会突然减少，胃肠消化吸收也受影响。青春发育期女孩，过度节食，或是通过自我诱导呕吐和导泻来减肥，也会导致体重下降，骨瘦如柴，甚至会发展为神经性厌食症。
还有，世界上有些国家和地区，由于当地社会政治、经济不稳定，如战乱和灾害等自然或社会因素对小儿造成影响，也会使小儿的食物来源数量减少、品种单调，使小儿无法获得必需的食物以满足营养需求，从而造成营养不良症的发生。
2．慢性消耗性疾病
小儿有慢性消耗性疾病，如反复感染，患肺炎、胸膜炎、扁桃体炎、口炎等，还有如患消化道感染性疾病，如由各种原因引起的慢性肠炎、痢疾、消化吸收障碍，以及患严重的肠寄生虫病、消化道溃疡、伤寒、结核等疾病，由于食欲不振，摄食减少，消化吸收不良与病后不注意加强营养，也可使身体迅速出现消瘦。
