子宫内膜异位症是一种慢性发炎的状况，在腹腔内的器官很容易发生沾粘的情形，在子宫蔫韧带及腹膜上生长就会使得骨盆腔严重沾黏，而造成卵巢、子宫、输卵管，甚至大肠、小肠黏成一块，子宫后倾并与直肠相黏，使直肠子宫的空间消失，产生解剖结构的改变，这也是造成性行为或大便疼痛及便秘的理由。肠胃的症状常也是肠道沾粘后引发的症状。子宫内膜最活跃的时段是在排卵与月经期，因此症状大都在这两个时期产生，尤以月经期最严重。一般痛经可能在月经来潮的前2天最为严重，不过随着疾病的加重痛经可能持续时间更长的时间，严重的子宫内膜异位症会有疼痛与沾黏合并起来的整体症状造成长期的慢性骨盆腔疼痛及肠胃问题。临床上的疼痛若与经期有关都要怀疑罹患子宫内膜异位症的可能。
美国最近一项对于3680位有症状妇女以腹腔镜诊断子宫内膜异位症的患者研究调查；平均患者年龄35.6岁，91%发生在15-45岁；99%有疼痛，96%在月经来会痛；70%在20岁以前有骨盆腔症状，74%在20-35岁诊断，只有7%在20岁以前被诊断出来。大多数妇女在有骨盆症状到明确诊断会延持10年；70%认为其疼痛是中度到严重的；月经前排尿疼痛有31%，直肠疼痛有58%，肿胀感有84%，月经时头痛有64%。其中81%在月经来时因为骨盆疼痛而无法工作或作家事，73%会在3天恢复，但有10%疼痛会持续数周；87%感觉疲累；41%有不孕的问题，其中曾怀孕的有21%有流产，2%有子宫外孕纪录。
