根据甲状腺肿瘤的类型，治疗方法主要有有药物治疗（保守治疗）和手术治疗两种。
1、甲状腺腺瘤
甲状腺腺瘤一般多采用手术治疗，但药物治疗可使少部分患者肿瘤缩小甚至消失。为避免不必要的手术，在病灶小于2cm可考虑首先使用药物治疗，无效时再行手术切除。
2、结节性甲状腺肿
由于结节性甲状腺肿呈双叶多发结节生长，单纯手术摘除效果不好，极易复发，全甲状腺切除术后并发症甚多，故原则上以保守治疗为主。结节性甲状腺肿仅有不到5%的患者需要手术处理，绝大多数人甚至可以终生带瘤生存。除非出现明显压迫症状，伴有甲亢，肿块延伸至纵隔或怀疑恶变者才作手术切除。
3、甲状腺癌
甲状腺癌一般需要手术治疗。传统的手术治疗就是在脖子下方开一个切口，把甲状腺切除，并做淋巴结清扫术。手术要求把肿瘤所在一侧的甲状腺组织全部切除，这是甲状腺切除手术的最低范围。如果对侧甲状腺有结节或恶性肿瘤，就要根据不同情况，做对侧肿物切除、次全切除，甚至对侧甲状腺全切除。如果有癌细胞转移，需要根据转移位置来扩大淋巴结清扫的范围。近年来出现的微创手术、射频疗法、消融疗法等存在很大争议，这些治疗手段不能按照要求的切除范围来进行，可能达不到肿瘤治疗所要求的范围。
碘治疗是甲状腺乳头状癌和滤泡状癌非常重要的一种治疗手段，也是甲状腺手术的重要补充。包括甲状腺肿瘤在内的甲状腺组织会吸收碘，而碘在人体内会释放一种射线，把肿瘤杀死，这就是碘治疗的原理，碘治疗也因此被称为“内放射治疗”。但碘治疗的前提是把甲状腺组织全部切除，尽量把转移比较严重的淋巴结全部清扫掉。有些人甲状腺并没有全部切掉就去做碘治疗，此时即便碘的剂量再大，也会被甲状腺吸收，转移的病灶根本吸收不了，没有治疗效果。病情比较严重的患者(比如高复发风险的患者)可以做碘治疗。
