电影《神秘代码》结局是指诚心诚意信奉上帝的人，到了生命最后关头，是会得到天主的救赎，整个故事都是在围绕 圣经 来讲的。天使带着两个小孩去了伊甸园，除了被天使选中的人其他人全部灭绝，而这两个小孩都有一个特点，那就是他们都无条件的信奉天主。《神秘代码》这部影片最后，竟然是人类全部灭绝了，虽然这个结局有点雷，但是它说明着，以人类的力量，还是无法扭转不可抗拒的因素。唯一让人感到安慰的是，影片中男主的儿子和女主的女儿，被天使选中，将他们带到了有智慧树的伊甸园。
而男主和其他人全部灭绝了，因为男主从一开始都不信奉圣经，不信奉天主，而两个小朋友反而是天主的信徒，所以最终他们才会被天使选中，带到了天国被神拯救。
这部电影结局比较烧脑，很多观众看着都一头雾水，但是如果你了解圣经的话，那么再研究起这部影片的剧情，就要简单明了得多。
