病因尚无明确结论，早期认为该病为先天性胆管发育异常，与胚胎期第4～10周胆管系统发育停顿或紊乱有关。然而，对大量或儿胆道系统的解剖却并未发现过胆道闭锁，相反近年研究有更多证据支持此病为后天形成。部分病儿出生时有正常黄色，数周后才出现灰白色大便及，也提示这些病儿胆道梗阻出生后才发生。此外，病理检查发现肝脏组织呈炎症性变化，肝门及胆管周围有炎症细胞浸润，肝小叶发生微小脓灶或局限性坏死，胆管闭塞处肉芽组织形成。通过对肝外胆道闭锁和新生肝炎的对比病理研究，发现两者肝组织病变相似，仅程度不同。肝外胆道闭锁以胆管胆栓和炎症病变表现为主，而婴儿肝炎肝细胞坏死表现更突出。因此现在认为胆道闭锁可能是一种与婴儿肝炎病理过程相似的获得性疾病。出生后所见的胆道闭锁是炎症过程的终末阶段和结局，炎症破坏致使胆管纤维瘢痕化并且闭塞。引起炎症的病因以病毒感染为主，如病毒、巨细胞病毒等，也可能是病毒、甲型肝炎病毒或疱疹病毒。有学者提出胰胆管汇合部位异常也可能是胆道闭锁发生的先天性因素。
本病的病因虽多，但最终结果是胆汁排泄通路梗阻，出现阻塞性黄疸。近期研究表明，肝内、外胆道的发育为两个来源，从而可以解释胆道闭锁者胆囊以下管道可以通畅，而肝胆管以上管腔纤维化致闭锁的情况。
注意事项
1、各种管道的护理，胆道闭锁术后患儿均需禁食、水，绝对卧床休息，安置的管道较多，必须置入鼻胃管，行胃肠负压吸引，以清除胃肠道分泌物和毒物，减少和抑制胃肠，不能自行排尿者要置入尿管持续引流，术后腹部置入引流管以便观察引流液的色、质量，动态了解其肾脏功能护理人员需妥善固定各种管道保持管道通畅以保证管道的功能。
2、高热的护理，术后应严密监测体温变化，高热者以物理降温为主，如果合并应激性高血糖引发感染性高热，除监测与控制血糖外，还需在配合应用抗生素和降温药物的方式上使用物理降温法效果更好。
3、保持输液通畅，维持体液平衡。
4、预防感染及其他并发症护理。
5、饮食指导，术后能经口进食者要给予高蛋白，高，低，低脂易消化饮食，不能经口进食者宜采用鼻饲管的方式抬高床头，少量多餐匀速加热鼻饲。
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