美国科研人员在《Nature》公布的一项研究成果称，菌群失调是造成肥胖者体重增加的重要原因之一。“控制”消化系统内的细菌，可达到的效果。《Nature》杂志肯定了这一研究，称之为“革命性的想法”。
另外，建议最好在宝宝半岁左右及期和上幼儿园时能补充一段时间的。因为宝宝在半岁时，体内的抗体少，这时抵抗力会比较差，容易受到感染。如果此时及时补充益生菌可以更好的提高抵抗力，起到预防疾病的作用。同时，随着婴幼儿的成长，开始吃各种，特别是在断奶后基本上都是吃固体饮食了，会引起肠道内菌群的变化，上幼儿园后接触人群的增多也会增加感染几率，所以断奶期和上幼儿园时也应该补充。
能从母亲产道获得益生菌，相反剖腹产儿由于有益菌的缺少，极易导致胃口差、挑食、偏食、、便秘等现象。
在防治性疾病方面唯独益生菌疗法备受青睐。因为益生菌可通过分泌γ-干扰素、IL-10和TGF-β等细胞因子，以调控机体的免疫应答，恢复免疫系统的动态平衡，有效防治过敏性疾病。
益生菌及其产物通过肠道内壁激活免疫细胞，促进肠粘膜分泌免疫球蛋白（SlgA），这些被益生菌激活的免疫细胞游走到全身，可维持机体全身处于正常状态。当幼儿体内的益生菌减少时，免疫力也会发生失衡，临床表现为“体质弱、反复生病”。
益生菌会促进肠道内各种消化酶的产生，特别是乳糖酶，加快中主要成分乳糖的分解和吸收；同时，益生菌也能产生β和维生素κ等营养物质，促进钙、铁、锌等微量元素的吸收。如果孩子体内的益生菌减少了，就可能会出现生长发育不良的状况。
非母乳喂养的宝宝
母乳中含有益生菌，牛奶喂养儿比母乳喂养儿肠道中有害菌的比例要高很多，腐败梭菌、肠杆菌的检出率高，这也从其粪便的差异性反映出来。跟踪研究发现，这种有害菌比例较高的情况会导致孩子长大发生便秘、，远远高于母乳喂养儿。给非母乳喂养儿经常补充益生菌，就能减少非母乳喂养的不利影响。
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