巧克力囊肿治疗之后容易复发，无论是保守治疗还是药物治疗，效果均不太理想，而根治巧克力囊肿手术又不适合想要生小孩的女性，所以此病不但治疗棘手而且给患者带来巨大痛苦。
腹腔镜手术是诊断子宫内膜异位症的最佳方法。巧克力囊肿手术后，人体会恢复排卵，发挥内分泌功能，残存的内膜又会开始生长，所以手术后尽早怀孕，因为怀孕后至少有一年的时间可以让这些内膜组织因为没有雌激素而逐渐衰退而被吸收掉。所以怀孕是最好的治疗，助孕技术也是最好的治疗。
巨大内膜囊肿、估计有广泛肠黏连、需进行肠切除术或判定为很复杂的手术以开腹手术为宜。对于不想生育，且接近停经的妇女，则可以考虑切除子宫和卵巢，以达到一劳永逸的目的。
