物流公司主要缴纳以下税收:
一、增值税
陆运(含铁路)、水运、空运空运输、管道运输服务，一般纳税人营业税改11%增值税税率，小规模纳税人营业税提高3%。
仓储、配送、货代等物流辅助服务，一般纳税人营业税改6%，小规模纳税人营业税提高3%。
二、城市建设税
城市地区税率为1.7%；2、县、镇5%；3.其他:1%
三、教育附加费、地方教育附加费
税率为教育费附加3%，地方教育费附加2%
四.所得税
基本税率是25%
营改增后的运输税率是多少？
营改增后，交通运输业一般纳税人适用11%的税率，一般纳税人的物流辅助服务适用6%的税率。小规模纳税人增值税税率为3%。
物流辅助服务，包括港口服务、港口码头服务、货运及客运码头服务、打捞及打捞服务、货物运输代理服务、报关代理服务、仓储服务及装卸服务。
运输是指利用运输工具将货物或乘客运送到目的地，从而在空之间转移位置的经营活动，包括陆运服务、水运服务、空运服务和管道运输服务。
2018年运输发票货物税率是多少？
一般纳税人只能开具货物运输增值税专用发票的11%。如果是小规模纳税人，需要税务局开，征收率3%
从事物流业的企业除了货物运输业务外，还可以有辅助服务。该业务税率为6%，但开具的发票不是货物运输专用发票，而是普通增值税专用发票。
运输发票票面金额除以1+11%，再乘以11%，计算出运输发票的税额。
所以税额按公式计算:票面金额/(1+11%)*11%。
如果是小规模纳税人，按3%的税率计算，计算原则与普通纳税人相同。小规模纳税人和一般纳税人在发票上的主要区别是，他们的货运行业增值税专用发票不能自行开具，需要向税务局申请代开。
国家税务总局2016年第99号《关于停止使用货运行业增值税专用发票有关问题的通知》规定，货运行业增值税专用发票最迟只能使用至2016年6月30日。之后普通纳税人在提供货物运输服务时需要使用增值税专用发票和普通增值税发票。明确规定开具发票时应在备注栏填写起运地点、到达地点、车辆类型、编号、运输信息。如果内容较多，可以另附清单。
