1、组织机制障碍，随着家族企业的成长，其内部会形成各种各样的利益集团，由于夹杂着复杂的情感关系，使得领导者在处理利益关系时会处于更加复杂，甚至是两难的境地。当企业领导亲属、家属违反制度时，管理者很难平等对待普通员工，给企业内部管理留下隐患。
2.由于人力资源的限制，家族企业似乎对外来资源和活力有排斥作用。尤其是在家族式企业，普通外来务工人员很难享受到股权，心态永远只是农民工，融入组织总是很难。此外，由于难以吸收外部人才，企业的更高层次发展将受到限制。正如新希望集团总裁刘永兴所说:“家族企业最大的弊端就是社会精英进不去。几个兄弟都在企业高层，外面的人才进不去。而且家庭的思维方式也有些类似，没有一个切入点。每个人都有自己的想法。决定一件事是非常困难的，也容易耽误商机。”
3.决策程序不科学导致失误，决策的随意性是很多民营企业初期成功的重要保证。许多企业家在成长过程中依靠的是胆识和足智多谋，因为他们抓住了一两个稍纵即逝的机会并取得了成功。但是随着企业的发展和外部环境的变化，企业主的个人经验开始失效，业务越来越大，投资的风险越来越大。不像创业初期，一两个错误是可以弥补的。这时，保证决策的民主性和科学性就越来越重要。
