嘧菌酯的最佳用药时间为开花前、谢花后和幼果期，使用方法是在霜霉病、早疫病、炭疽病、叶斑病等病害发生初期施药，一般用25％悬浮液的嘧菌酯1000-1500倍液进行茎叶喷雾，每隔10天喷一次，每季作物最多使用3次，具体使用参考说明书。
嘧菌酯是新型高效、广谱、内吸性杀菌剂，可以用作茎叶喷雾、种子处理，也可进行土壤处理。嘧菌酯几乎对所有的真菌界病原菌都有着很好的活性，杀菌谱广，可用于治疗谷类、蔬菜、果树、花生、马铃薯、咖啡、草坪等出现的白粉病、锈病、颖枯瘸、网斑病、霜霉病、稻瘟病等多种病害，具体用量根据作物和病害的不同调整，正常情况下每亩可以施用有效成分2.5-26克，通常为6.5-23克。
另外嘧菌酯还能增加植株的抗病性，有较长的特效期，可减少用药次数和用药成本，延缓作物衰老，拉长收获期，增加总产量。不过需要注意的是嘧菌酯不能与乳油类农药混用，也不能与有机硅类的增效剂混用。
