底过滤缸换水一般是由鱼缸底部水孔下方排水阀来控制，可以在排水孔处外接一个水管，把水引到底过滤缸的排水孔处，然后通过溢流的方式换水，换水方法也是比较简单的。
一般底过滤缸体积是比较大的，要占用鱼缸底柜的空间，并且对水泵要求比较高，功耗比较大，水泵必须和溢流配合妥当，否则换水时有可能把一些水漫出来或把水泵烧坏，所以在给底过滤缸换水的时候是需要注意的。
同时，底过滤缸的过滤方式只有一种，是通过溢流的方式把滤缸分区，也是通过这种方法来换水的，这样不仅可以把水中的杂质过滤掉，也可以给鱼缸成功换水。一般底过滤缸的底滤会分为三格或四格，主要可以分为物理过滤区、生化过滤、水泵区，各自发挥不同的作用，使得鱼缸中的水质比较好，满足鱼的正常存活。
