目前非淋菌性尿道炎治疗多选用大环内酯类、四环素类、喹诺酮类三类抗菌药物，要熟知这些药物的不良反应，以保临床用药的安全合理。
大环内酯类抗生素：这类药物不良反应相对较小，临床应用较安全。不良反应可有厌食、恶心、呕吐等消化道症状及药疹、药热等过敏现象；对肝功能有一定不良影响。对孕妇及肝功能不全者应慎用。
喹诺酮类药物：本类药物不良反应发生率为3%~5%，多数属轻、中度，常见消化道反应，如厌食、恶心、腹痛等，常与剂量多少有关。少数出现中枢兴奋症状，如焦虑、失眠、神经过敏等。过敏反应有药疹、红斑、光敏反应，特别是接触日光部位，用药期间应避免阳光直射，以免发生光敏性皮炎。本类药物对幼年动物的软组织及关节有损害，故不宜用于儿童及孕妇。
四环素类抗生素：本类药物不良反应可有胃肠道反应，如恶心、呕吐等；可造成牙齿黄染，牙齿发育阶段儿童尤其严重；长期服用会产生肝脏、肾脏的损害；可诱发二重感染及发生过敏反应。因此，这类药物儿童、孕妇及乳期妇女禁用，肝肾功能不全者慎用。
安全合理使用药物应综合考虑患者的病情、体质、年龄、药物不良反应等多种因素；使用药物时详细阅读理解药物使用说明书，做到正确使用；使用后应跟踪观察药物的疗效与不良反应，发现问题，及时处理。
