在一个家庭中，兄弟姊妹同时或父母子女同时患先天性心脏病，以及不少染色体异常的同时有心脏血管畸形的事例，说明本病有遗传因素存在。遗传学的研究认为，多数的先天性心脏病是多个基因与环境因素相互作用所形成。
妇女在最初3个月，特别是怀孕3周-8周，如遭到病毒感染，胎儿易发生心脏血管畸形。其中病毒是引起胎儿先心病的主要罪魁祸首。此外，流感、流行性、柯萨奇病毒、疱疹病毒等也往往是小儿先天性心脏病的“作案者”。
孕妇嗜好“吞云吐雾”或丈夫吸烟、妻子“被动吸烟”可使胎儿畸形或小儿先心病发生。婴儿先心病发病率，吸烟母亲所生婴儿是不吸烟母亲的二倍。夫妻“酒后同房受孕”，会使胎儿染色体发生异常，生下患酒精中毒症的婴儿，大多数伴有心脏血管异常。
