目前，对孤独症儿童的治疗主要是应用行为疗法。
应用行为疗法治疗孤独症时，针对不同的具体目的要选用不同的具体技术。主要的技术有以下几种：
1、暂停强化法，指每当一种不适当的行为出现时，就把他从强化物边移化一个确定的时间，或把强化物移开一段时间。暂停强化法可用于消除各种不适当行为。
例如，患儿DICKY吃饭时从其它孩子盘里抓饭，把饭到处乱扔，同时吃手指。治疗者采用的方法是：“如果他吃手指，就把他的饭盘拿走。如果他扔饭或抓别人的饭，就把他从饭厅里拉出去。”结果有效消除了他的不良行为。
再如，患儿SAM常用头撞墙、撞地或撞硬东西。治疗者采用暂停强化法：“一旦他自伤，就三秒钟完全停止对他的关注。”结果自伤行为大大减少，微笑和其它良好行为增加。
2、惩罚，指用厌恶性刺激作为手段消除不适当行为。例如患儿SAM自伤时，就对他施加一次电击。
3、强化适当行为，指用强化物增强适当行为出现频率。强化适当行为常与教导适当行为相结合。此方法可用于帮助孤独症学习语言。学习社会化拔巧、学习好的饮食和排便方式等。
4、塑造，指先强化与目标行为稍有相似的行为，然后再强化与目标行为更相似一点的行为，最后逐步引向目标行为。
例如，患儿DICKY需要戴眼镜但他不戴。治疗者先强化他用手抓眼镜，再强化他把眼镜带在身上，如此一步步引导他戴上眼镜。这种方法适用塑造各种适当行为。
5、链条法：指把一个要教给孤独症儿童的动作分解成一系列局部动作，然后一一教会他并强化他。此法适于教孤独症儿童一些实用的自助技能，例如教他穿脱衣服。
虽然行为疗法在治疗孤独症上有一定效果，但是总的来说，孤独症的治疗是困难的，效果有限的。
以往在国外，婴幼儿孤独症患儿往往是在特殊学校受教育的。现在国外趋势是尽量让他们进入正常学校，以增加他们与正常儿童的交往机会，促使他们向正常儿童学习。
在国内，许多孤独症患儿未得到治疗，也有许多患儿被误当做智力迟钝或聋儿等。在北京，94年成立了全国首家孤独症的康复学校：星星雨孤独症康复中心。该校运用行矫正方法治疗孤独症，亦取得了一定效果。
