糖丸疫苗的副作用则分成两种：
1、安全性，即接种该疫苗却因此染上该传染病。
2、排异的副作用，也就是疫苗说明书上常解释的“副作用反应”，包括引起病人发烧、疲乏、局部溃疡、局部红肿痛热、疫苗过敏等现象。
从安全性角度来评价，基因疫苗和灭活疫苗都高于减毒活疫苗，因为其制作原理是用半死不活的病毒株来激发患者的免疫力。但减毒活疫苗又恰恰是国内目前使用比较广泛的一种，因为它的免疫效果比完全灭活的病毒要强，死病毒株做成的疫苗一般要反复接种，而减毒活疫苗一般只要接种1至3次，就可以终身免疫。
特别注意：
根据国家卫生计生委要求，自2016年5月1日起在全国范围实施新的脊灰疫苗免疫策略，之前用的白色小糖丸(三价脊灰减毒活疫苗tOPV)全部停用，用二价脊灰减毒活疫苗(bOPV，滴剂)替代，并将脊灰灭活疫苗(IPV，针剂)纳入国家免疫规划。即脊灰疫苗免疫程序调整为：二月龄接种一剂脊灰灭活疫苗(IPV);三月龄、四月龄、四周岁各接种一剂二价脊灰减毒活疫苗(bOPV)。
此次疫苗转换，并不是说以前用的小糖丸出现问题或效果不好，而是在极少数的情况下，服用糖丸会对身体免疫力较差的孩子，产生疫苗相关的麻痹性脊灰和疫苗衍生病毒病例。
