主要区别就是：针对宝宝程度不同
氨基酸配方为氨基酸混合配方，不含一点成分，属无牛奶配方。适于牛奶过敏的诊断和重症的治疗。
深度水解配方为牛奶蛋白经工业化加工后的短肽配方，属牛奶配方。适于牛奶过敏的治疗，但不具诊断价值。
特殊分为：
深度水解蛋白配方奶粉和氨基酸配方奶粉。
这两种特殊奶粉必须要由医生开处方指导购买，要在医生的指导下给宝宝食用。
延伸：配方奶粉的分类
根据市面上婴幼儿配方奶粉的完整程度，可以大致分为三种类型：
第一类：常规配方奶粉
指的是市面上可以买到的婴幼儿配方奶粉，妈妈可以自主为宝宝购买。
适用于不同年龄阶段的宝宝。
第二类：部分水解蛋白配方奶粉(也称适度水解配方奶粉)
部分水解蛋白的过程是将完整的大分子蛋白切碎，在胃中形成更软、更易吸收的凝乳，从而更容易被宝宝稚嫩的肠胃吸收，更易消化，有助缓解宝宝各种消化不适问题。
更适用于肠道娇嫩的0-1岁宝宝。
第三类：特殊配方奶粉
分为深度水解蛋白配方奶粉和氨基酸配方奶粉，在普通市场上无法购买，必须要由医生开处方指导购买。
适用于由医生诊断为牛奶过敏症状的宝宝。
这三者的区别，可以举一个例子说明：
对那些对牛奶蛋白过敏的宝宝来说，牛奶里的蛋白质就好比用乐高搭成的一个可怕的怪物，宝宝见了会害怕，于是唤醒了体内的免疫系统来与这个“怪物”战斗，然后等过敏症状就出现了。
1、对于那些具有高过敏风险的宝宝，比如父母曾经有史等等，为了预防宝宝见到怪物会害怕，我们就预先把牛奶蛋白质水解成一些大小不等的肽段，这就好比把乐高积木搭的这个怪物给拆成了大小不一的部分，看起来已经不那么可怕了。这就是部分水解配方奶粉。
2、对于一些十分敏感的宝宝，即使把怪物拆开了，其中的一些部分仍然让他们感到害怕。这时候，我们只好把积木再拆的更零碎一些。对于蛋白质来说，也就是进行深度的水解，使之只剩下很小的一些肽段，这就是深度水解配方了。
3、然而，还有的宝宝确实是特别敏感，那只好继续拆，把积木完全拆成一块一块的。对于蛋白质来说，也就完全变成了一堆氨基酸，这就是氨基酸配方了。
简单说就是：
部分水解配方是用来预防过敏，深度水解和氨基酸配方，则是用于那些已经出现了牛奶蛋白过敏症状的宝宝。
深度水解蛋白配方奶粉有哪些?
1、荷兰本土深度水解配方奶粉
奶粉独有Boostimune多元免疫配方，有助于增强宝宝的抵抗力，让宝宝能够茁壮的成长。
配方中还加入了和AA成分，帮助不同年龄宝宝的成长徐爱U，全方位的覆盖肠道、血液和免疫细胞的健康，更全面的强化宝宝的体质，让宝宝能够健康快乐的成长。
2、AptamilPEPTI深度水解蛋白配方奶粉
这款奶粉是德国本土爱他美奶粉生产，爱他美Pepti是特殊配方的婴儿膳食，只有药店有卖，是专门为牛奶蛋白过敏以及多种食物过敏的婴儿及儿童所生产的，其组份接近成分。
特别针对对牛乳蛋白过敏或肠胃虚弱对奶基乳糖不适的宝宝，在每日所需基本营养配方的基础上去除了过敏原并添加了爱他美独特的黄金双歧因子，安抚宝宝肠胃的同时增进宝宝胃肠消化免疫能力，减轻症状。
3、蔼儿舒乳蛋白深度水解配方奶粉
适用于对食物蛋白过敏的0-12个月的宝宝，属于瑞士原装进口的奶粉。主要配方是氨基酸配方，特别添加了中链甘油三酯、DHA&ARA，并且未添加乳糖。
1、纽康特氨基酸配方奶粉
纽康特®(Neocate®)是一种专门为牛奶蛋白过敏和多种食物蛋白过敏(如对大豆、类，蛋类和坚果类过敏)的婴幼儿设计的游离氨基酸
配方粉。
游离氨基酸配方粉也称为“无敏配方”，其所含的成分不会引起任何过敏的可能, 主要适用于牛奶过敏或多种食物蛋白过敏的饮食治疗。
2、雀巢恩敏舒氨基酸配方粉
瑞士原装进口产品，采用氨基酸配方，特别添加了MCT、DHA和ARA，而且不含乳糖。
需要注意的是，喂哺的时候需要按照恩敏舒上的喂哺表进行喂养，这样能保证宝宝摄入充足的奶量。
雀巢公司创办于1867年，可说是个百年品牌了，而且它是世界上最大的食品制造商。雀巢系列众多，不仅有普通的婴儿配方奶粉，同样有各种抗过敏奶粉，而且它的抗过敏奶粉还都比较出名，受消费者欢迎。
3、全水解氨基酸配方奶粉
针对重度牛奶过敏的婴儿、多种食物过敏或其他指示需要一个元素饮食的氨基酸奶粉。
宝宝在饮用深度水解蛋白奶粉无法缓解牛奶过敏的时候，也需要换成氨基酸抗过敏奶粉。
美赞臣的这款氨基酸奶粉和其他品牌的氨基酸奶粉一样，不含任何导致过敏的牛奶成分，而是由单个氨基酸组成。
