消化不良的临床症状主要包括有嗳气、便秘、恶心、腹胀、上腹部疼痛、食欲下降、胃肠道胀气等，具体表现如下：
1、腹泻：腹泻为主要症状，多数患者有经常腹泻或间歇发作，极少数无腹泻或有便秘。
2、腹痛、腹胀：腹痛少见，多为胀痛，常在排便前发生，约半数有明 显胀气及恶心呕吐。
3、体重减轻：约有50%-100%的病人发生，由于营养吸收不足和食欲不振造成体重减轻，主要是由于蛋白质、脂肪等营养吸收障碍，过多丢失所致。
4、维生素缺乏：维生素D及钙缺乏可引起手足抽搐，蛋白质不足可致骨质疏松、骨软化引起骨痛。
5、生化改变：血清钾、钠、钙、镁均可不同程度下降;血浆蛋白、血脂及凝血酶原也降低 。
6、脂肪吸收率小于90%，或粪脂排出量大于7克/天。
7、对于小婴儿，常表现为溢奶，稍大孩子常有呕吐，一般不严重，呕吐物有酸味。
8、患儿食欲减退、腹胀、肠鸣音亢进，甚至不用听诊器也可听到肚子的“咕噜”叫声。
9、口臭。乳食积滞于胃脘，往往先发生口臭，特别是晨起口臭口酸为乳食停滞的表现，临床称此为高位停食。有这种现象时，可减食或停食一顿，以利于肠胃功能的恢复。
10、大便恶臭。伴随少许不消化食物残渣时，虽未稀泄，已有伤食泄之先兆，此时应马上减少饮食量，予以调整，可避免泄泻的发生。
