包皮过长如果有明显不适，如性生活痛、困难和敏感度降低，可以影响男性功能障碍，如阳痿、早泄、射精过快和不射精等，并造成夫妻生活不和谐，降低生活质量。
除此之外，包皮过长还会阻碍阴茎正常发育，如不及时治疗易形成小阴茎。包皮口径过小的男人，包皮上翻不能复原，包皮紧紧卡在冠状沟处，成嵌顿包茎，痛苦不甚。严重时，龟头会因血流不畅而发生水肿，甚至可发生龟头坏死。
包皮过长还容易得泌尿感染性疾病，由于包皮垢等沉积物的作用，可引发包皮炎、龟头炎、尿道炎、生殖器疣病、疱疹等泌尿感染性疾病。同时还能影响女性健康。过长的包皮内积存大量包皮垢，包皮垢中饱含各类细菌，致使女方妇科病反复感染久治不愈。临床调查表明，包皮垢是女方宫颈恶变的重要原因。还会造成男性不育，由于包皮垢感染而引起前列腺炎，降低精子活动力和精液粘度，可造成不育。
