2岁前抗生素的使用会增加宝宝肥胖风险，2岁之前接受3个或更多疗程的抗生素治疗与早期儿童肥胖的风险增加有关。
许多研究证实，新生儿期和婴儿期应用抗生素可导致肠道菌群的改变，增加哮喘的发病风险。研究人员指出，孩子过早接触抗生素有可能造成其肠道有益菌群被破坏，导致形成“不成熟”的免疫系统，引发反应，从而提高患哮喘的风险。
抗菌药物在婴幼儿人群中的使用相当普遍，有研究显示抗生素的使用破坏了肠道正常菌群，增加了儿童1型糖尿病的发生风险。肠道菌群失调和菌群多样性的破坏也与T1DM的发生有关。
早期使用抗生素使湿疹风险增加15%-41%，使风险增加14%-56%。此外，研究还显示，与接受1个疗程抗生素治疗的婴儿相比，接受2个疗程抗生素治疗的婴儿同时发生2种过敏(湿疹和花粉过敏)的风险更高。
