病毒性腹泻的治疗可参照WHO对治疗腹泻病的药物规定的六条标准，即高效、可口服、可与口服补液联合使用、不被肠道吸收、不影响肠道吸收功能，尤其是葡萄糖和氨基酸的吸收、可抵御一系列的肠道病原体。1993年中华人民共和国卫生部3个司曾经以中国腹泻病诊断治疗方案文件下发，它是治疗腹泻病的指导性文件，当然也是治疗病毒性腹泻的参考文件。
腹泻病按病情可分为轻型、中型、重型三类。轻型：无脱水、无中毒症状。中型：有些脱水或有轻度中毒症状。重型：重度脱水或明显中毒症状。
腹泻病的治疗原则：预防脱水，纠正脱水，继续饮食，合理用药。
一、药物治疗原则
除合并细菌感染外，一律不用抗生素。因为据报道，仅仅30%的腹泻病人需要使用抗生素。
二、抗病毒治疗
可用有抗病毒作用的药物如干扰素、三氮唑核苷及中草药马蹄香等。
有不少用以上药物治疗小儿病毒性腹泻或秋季腹泻有效的报道，但效果均不够理想。
Rossignol等报道，用Nitazoxanide治疗病毒性腹泻，以50名成年人为试验组，45人为对照组，病原均为诺如病毒、轮状病毒、腺病毒阳性者，成人口服500mg，每日2次，3天后，腹泻持续时间、症状减轻甚至消失，尤其以病原为轮状病毒效果好。
三、抗体治疗
用免疫球蛋白或用轮状病毒免疫牛的初乳治疗人轮状病毒感染有效，但也有其临床疗效不理想的报道，还有用轮状病毒免疫母鸡的鸡蛋免疫球蛋白来治疗小儿轮状病毒感染有效的报道。这种鸡蛋免疫球蛋白治疗效果应注意免疫球蛋白抗病毒有型特异性，同型方有效，否则无效，因为不同型别病毒之间无交叉免疫。
