小儿肛周脓肿的治疗一般以手术治疗为主，若宝宝太小可以先进行药物等保守治疗法。
若宝宝肛周脓肿初起尚未形成脓包，家长可以采取保守治疗法进行治疗。可用凉血解毒、清热利湿的中药内服。常用药物有苍术、黄柏、生地、赤芍、丹皮、槐角、银花、紫花地丁、川牛膝等。也可配用一定的抗生素，以促使其消散。
若宝宝肛周部已成脓包，则宜早期切开排脓，以防炎症侵及肛门直肠周围间隙和疏松组织，形成范围较大的脓腔。许多家长担心宝宝太小，手术会影响肛门功能，想等宝宝长大些身体功能发育完善后再做，其实这种观点是错误的。因为一旦宝宝得了肛周脓肿，如不及时治疗，脓肿会蔓延扩散，使病变进一步加重，就会由小病变成大病。需要手术治疗的就不应依赖消炎药或中药膏药而过分地采用保守治疗，以免延误手术时机。尤其要提醒家长们的是，千万不要自行将脓肿刺破或挤脓，以免造成感染等意外。手术原则为：
1、选择脓肿波动最明显的部位下方，呈放射状切开，钝性分离，排出积聚的脓液。如果切口边缘重叠，可修剪创缘，以利引流，不留死腔。
2、表浅的皮下脓肿，在切开排脓的同时，寻找齿线处感染的肛窦，即内口；然后延长切口，使之与内口相通；修剪切口边缘，使切口适当向肛外延伸，并置引流物，以利引流。
3、粘膜下脓肿，需在肛门镜下显露脓肿部位，在中央作纵向切口，排出脓液；再用血管钳分离脓腔，排尽残留脓液，放置红油膏纱条引流。
此外，小儿肛周脓肿的术后护理十分重要。家长要每天定时给孩子的患处换药，做好清洁工作，并谨记不能在伤口处使用抗生素，以免造成不良后果。
