引起腹泻最主要的病原菌为大肠杆菌。患儿主要表现为发热、腹泻，检验有白细胞，主要发生在夏季。主要使用对肠道感染有效的抗菌药物、微生态制剂、肠黏膜保护药。一般治疗1周，大便检查正常可以停药。辅助治疗为退热及液体疗法。
细菌性痢疾是由痢疾杆菌引起的一种肠道传染病，大便通常带有黏液，伴有发热、腹痛及里急后重。 严重的中毒型痢疾可以出现高热、、神志障碍，尤其小婴儿，反而没有或轻度腹痛、腹泻。痢疾患儿大便检验包可表现以白细胞为主，也会有红细胞，与大肠杆菌只有通过大便培养可以鉴别。治疗上基本相同。肠道感染多采用口服抗菌药，如阿莫西林、头孢克洛等。
通常在秋季发作，由病毒引起，常见于6个月-2岁的婴幼儿。临床试验证明西咪替丁联合双嘧达莫治疗小儿秋季腹泻，可明显提高临床疗效，有效缓解症状，缩短治疗时间，并且安全性较好。
是由于某些疾病需要长期应用广谱抗生素，而引起肠道菌群紊乱导致的腹泻。应考虑条件致病菌，如难辨梭状芽孢杆菌、金黄色球菌、真菌等所致的肠炎。难辨梭状芽孢杆菌肠炎大便为水样，可伴有发热、腹痛等，严重者大便排出膜状物，称为假膜性肠炎。金黄色葡萄球菌肠炎大便为水样，呈暗绿色似海水，有腥臭味，常伴专感染中毒症状。真菌性肠炎大便为水样，泡沫多，有时为豆腐渣样。一般停用抗菌药物可以缓解。为了预防和治疗这种菌群失调，可以早期使用微生态制剂。
