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核黄疸是因血中游离胆红素与结合胆红素浓度增高导致，游离胆红素（即未结合胆红素在血中未与白蛋白结合的部分）具有较强的亲脂性，能透过细胞膜，当它进入脑组织后，可产生胆红素的毒性作用而致胆红素脑病。胆红素的神经毒性作用是阻断脑细胞线粒体的氧利用，使脑细胞的呼吸和能量产生受到抑制，从而影响脑的正常功能。所以临床上通常以血清胆红素浓度来估计核黄疸的危险性，一般认为血清总胆红素浓度高于342μmol/L（20mg/d1）时有发生胆红素脑病的危险，但通常要以游离胆红素的升高为主。
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