目前对乙肝小三阳的治疗还没有绝对有效的治疗手段，但经过系统治疗，病情是可以控制的，具体治疗方法有：
(一)治疗的总体目标
慢性乙型肝炎治疗的总体目标是：最大限度地长期HBV，减轻肝细胞炎性坏死及肝纤维化，延缓和减少肝脏失代偿、肝硬化、HCC及其并发症的发生，从而改善生活质量和延长存活时间。
(二)抗病毒治疗的一般适应证
一般适应证包括：①HBeAg阳性者，HBV-DNA≧105拷贝/ml(相当于20000IU/ml)。HBeAg阴性者，HBV-DNA≧104拷贝/ml(相当于2000IU/ml)。②ALT≧2×ULN。如用IFN治疗，ALT应≦10×ULN，血清总胆红素应﹤2×ULN。③ALT﹤2×ULN，但肝组织学显示KnodellHAI≧4，或炎性坏死≧G2，或纤维化≧S2。对持续HBV-DNA阳性、达不到上述治疗标准，但有以下情形之一者，亦应考虑给予抗病毒治疗：①对ALT大于ULN且年龄﹥40岁者，也应考虑抗病毒治疗(Ⅲ)。②对ALT持续正常但年龄较大者(﹥40岁)，应密切随访，最好进行肝组织活检。如果肝组织学显示KnodellHAI≧4，或炎性坏死≧G2，或纤维化≧S2，应积极给予抗病毒治疗(Ⅱ)。③动态观察发现有疾病进展的证据(如脾脏增大)者，建议行肝组织学检查，必要时给予抗病毒治疗(Ⅲ)。在开始治疗前应排除由药物、酒精或其他因素所致的ALT升高，也应排除应用降酶药物后ALT暂时性正常。在一些特殊病例如肝硬化或服用联苯结构衍生物类药物者，其AST水平可高于ALT，此时可将AST水平作为主要指标。
