如果只是需要短期保存金针菇可以直接将整包放进冰箱冷藏保存即可;已经打开的，可放在纸巾上吸掉多余水分取保鲜膜把金针菇包起来，因为保鲜膜都有适度的透氧性和透湿度，调节被保鲜品周围的氧气和水分的含量，阻隔灰尘，从而延长食品的保鲜期，包裹时尽量不要压迫到蕈伞，再放进冰箱冷藏，可保存2-3天。
除了用保鲜膜包好冷藏之外，也可以用干燥的报纸将金针菇包好以后放入冰箱的保鲜柜中保存纸的透气性更好，而保鲜柜可以防止金针菇水分过度蒸发，用此法可以保鲜1个星期左右。
买回时的金针菇如果是真空包装又不会立即食用的话，可以直接放入冰箱冷藏保存，可以保存3~4天。如果是真空包装打开过的还剩一些金针菇需要保存，则可以用塬包装包好以后，在真空包装表面，戳几个小洞，以保持空气流通。
金针菇如果想要保存时间更长可以放入冰箱冷冻柜保存，切掉金针菇菌柄底端，用手稍微搓揉，使金针菇分开，放入密封袋中冷冻。金针菇从冷冻库取出后不需解冻，可直接使用。
盐水浸泡保存
新鲜的金针菇可将根部剪掉后，在淡盐水中浸泡10分钟，沥干后再冰箱冷藏保存，这样可以保存一周左右。
化学保鲜法是商家比较常用的一种方法，将无毒的化学物质用于浸泡或喷洒在金针菇表面，以达到延长金针菇新鲜的目的。可用于金针菇保鲜的化学物质有：焦亚硫酸钠、氯化钠、稀盐酸、高浓度的二氧化碳、保鲜剂、抗坏血酸及比久等。
