新鲜的蓝莓最好立刻放入冰箱，最佳保存温度为1~3°C。可以保险5-7天。如果要吃新鲜蓝莓千万不可置入0°C以下的冷藏库。不建议用水洗了蓝莓再置入冰箱，因为水份很容易使蓝莓腐烂，所以保持蓝莓外表乾燥是延长新鲜蓝莓保存期的最佳方法。
如果需要常温下保存，可以将蓝莓装在透气的食品盒中，放在阴凉、通风的地方。温度在15℃-25℃之间最佳，能够存放一周左右。
如果在当地农场购买了大量的蓝莓。可以将它冷冻几小时，确定已冻结后，装入密封容器内，放到冷藏室里，随吃随取，至少可保存一年。 冷冻蓝莓一样健康营养，根据美国食品药品管理局的标准，冷冻蓝莓和新鲜蓝莓一样健康。
加工冷冻果是浆果类果实利用的一个趋势，黑莓、树莓、等均可加工冷冻果，但以上三类浆果冷冻时容易出现变色、破裂等现象，而蓝莓果实冷冻后则无此现象。相对草莓、树莓等果实，蓝莓果实质地较硬，适合冷冻果加工。
新鲜蓝莓如何保存：制作成果酱
如果购买的蓝莓数量比较多的话可以选择制作成蓝莓果酱。
将清洗干净的蓝莓放入适量白糖和柠檬汁拌匀后放置30分钟备用。30分钟后将拌好的蓝莓放入搅拌机中搅碎，没有搅拌机的也可以在盆中用勺子碾碎。搅碎后的蓝莓糊倒入锅中，用小火不停搅拌直到粘稠，放凉装入密封罐内保存即可。
1、蓝莓果的顶部通常是光秃秃的。用纸擦一下果皮，如果纸上留有颜色，说明是野山枣或染色冒充的。
2、好的蓝莓圆润、大小均匀，表皮细滑、不黏手;大小不匀、表皮粗糙的说明发育不良，不宜选购。
3、好的蓝莓香气馥郁，尝起来酸甜可口，没有果核;如果香味较浅，尝起来酸涩，说明尚未成熟;果核很大的是假冒的，不宜选购。
4、用手捏一捏，好的蓝莓果实结实;如果捏起来很软，还有汁液渗出，说明已经熟过了;如果果肉干瘪、表皮起皱，说明存放过久，水份严重流失，不宜选购。
5、好的蓝莓表皮为蓝紫色，覆有白霜;如果颜色发红，说明尚未成熟;白霜不明显或没有白霜， 说明存放过久已不新鲜;如果呈现黒色，说明是假冒的。
