阿特金斯减肥法没有应用之前流行的新陈代谢理论。阿特金斯博士认为，西方饮食习惯中有尚未认识到的导致肥胖的重要因素。他认为导致肥胖的主要原因是食用精制碳水化合物，尤其是糖、面粉和高果糖玉米糖浆。
阿特金斯法一共分为四个阶段：其中第一个阶段通过严格控制碳水化合物的摄入，能够使机体从燃糖代谢转变成燃脂代谢；第二阶段和第三阶段通过适当增加碳水化合物的摄入，在保持机体持续燃脂的状态下，尽可能多的增加美味可口并且有益人体健康的食物，从而将饮食结构和减肥食谱慢慢转换成一种习惯；第四阶段通过最大限度的扩充食物种类，达到终身保持体重、维持健康体型的状态。
入门阶段
入门阶段是阿特金斯饮食法的第一阶段，也是最严格的阶段。建议此阶段进行两个星期，其目的是引导身体迅速进入燃脂代谢状态。纯碳水化合物摄入限制在每天20克以内（碳水化合物重量减去纤维、糖醇和甘油的重量），其中12～15克来自色拉绿叶蔬菜或其它蔬菜（西兰花、菠菜、南瓜、花椰菜、萝卜、西红柿和芦笋，允许食用的蔬菜有54种[不包括豆类，如青豆。因为对入门阶段来说，豆类淀粉太多]）。允许食用的食物包括任意量的所有肉类，家禽、鱼、贝类海鲜、鸡和蛋；相当于4盎司（113克）软或半软乳酪，如切达干酪；色拉蔬菜；其它低碳水化合物蔬菜；以及黄油、橄榄油和植物油。在此阶段，每天需要饮用约1800毫升水，不允许喝酒精饮料。此阶段允许适度饮用含咖啡因饮料，只要不是对咖啡因上瘾或由此导致低血糖。如果对咖啡因上了瘾，那最好是在该饮食法的后期再喝。推荐每天服用多种维生素和矿物质（除了铁）。
在入门阶段，许多人往往会注意到最显著的减肥效果——如果在入门阶段的同时每天进行锻炼的话，平均每星期减轻5～10磅体重是很平常的事。许多阿特金斯追随者使用糖尿病患者使用的Ketostix尿酮试纸。这能让减肥者监测自己何时进入燃脂代谢状态，不过，对非糖尿病患来说，这并不总是很精确的。
