病儿一经诊断应停止给予天然饮食。对期病儿在确诊后虽应暂停喂养但切勿，以便在控制血苯丙氨酸浓度后能及时添加。
病人需给予低苯丙氨酸奶方治疗剂量，按每公斤体重需要的计算。血苯丙氨酸一般在治疗后4天左右降至600μmol/L以下，待血浓度降至理想浓度时，可逐渐少量添加天然饮食，首选母乳。较大婴儿及儿童可添加入面蛋等。添加食品应以低蛋白低苯丙氨酸食物为原则其量和次数随血苯丙氨酸浓度而定。每位病人能添加的食物种类与量因人而异。每次添加天然饮食或更换食谱后3天需再复查血苯丙氨酸浓度以维持血浓度在120～240μmol/L较为理想。
1、为保证疗效，应定期监测血苯丙氨酸浓度，正常人血苯丙氨酸浓度为1～2mg/dl，未经治疗的典型苯丙氨酸血浓度>20mg/dl，多在20～50mg/dl之间，>50mg/dl少见。在饮食治疗后血Phe浓度监测第一个月应每周复查1～2次，以后每月一次。还应定期复查血色素、白蛋白、脑电图、体格和发育情况等，必要时应进行血氨基酸分析，测定酪氨酸水平，支链氨基酸和芳香氨基酸的比值等。
2、对于非典型苯丙酮尿症的治疗除了饮食治疗以外，还应补充多种神经介质，如四氢生物蝶呤(BH4)、多巴、5-羟色胺、等。
3、对于有其他合并症的患儿应予以对症治疗。例如合并有发作的患儿，应及早开始进行正规的抗癫痫药物治疗。患有的患儿在血Phe浓度控制满意后，可自愈，如湿疹严重，可给予外用药对症治疗。
治疗原则
PKU是第一种可通过饮食控制治疗的遗传性代谢病。天然食物中均含一定量苯丙氨酸低蛋白饮食将导致。因此要用低苯丙氨酸饮食治疗，治疗原则如下：
（1）早期治疗：一旦确诊应立即治疗开始治疗的年龄越小预后越好，智能发育可接近正常人。
（2）控制苯丙氨酸摄入：苯丙氨酸是一种必需氨基酸，为生长和体内代谢所必需。PKU患者的智能障碍是由于体内过量的Phe及旁路代谢产物的神经毒性作用而引起，要防止脑损伤只有减少从食物中摄取苯丙氨酸，一般应保持血苯丙氨酸浓度在120～360μmol/L较为理想。
（3）调查个体食谱：由于每个患儿对苯丙氨酸的耐受量不同，故在饮食治疗中仍应根据患儿具体情况调整食谱，低苯丙氨酸奶方治疗至少持续到12岁以上。
（4）怀女性患者：成年女性患者在前应重新开始饮食控制直到，以免高苯丙氨酸血症影响胎儿。
（5）高危家庭产前诊断。
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