原则上应做到早期诊断、早期治疗、规则用药、治疗方案个体化。非淋菌性阴道炎的最佳治疗期是在感染后的1-4个月以内。常用的药物主要有四环素、红霉素、强力霉素、阿奇霉素等。常用治疗方案有：
1、多西环素200mg/d，分2次口服，连服7-10天。
2、阿奇霉素1.0g饭前1小时或饭后2小时顿服。
3、美满霉素200mg/d，分2次口服，连服10天。
4、红霉素2.0g/d，分4次口服，连服7天。
治愈的标准是患者的自觉症状消失，无尿道分泌物，尿沉渣无白细胞，细胞涂片也未见衣原体。在判断治愈时，一般可不作病原微生物培养。
中药治疗非淋菌性尿道炎能克服西药副作用的缺点，既有能清热解毒，利尿通淋，活血化瘀的中药组方，并可随证加减，特别对病程较长，体质较弱者，给予补气、益肾，以提高机体免疫功能。非淋菌性尿道炎以湿热下注型多见，中医治以清热利湿，方用八正散加减。
