引起腹泻最主要的病原菌为大肠杆菌。患儿主要表现为发热、腹泻，检验有白细胞，主要发生在夏季。主要使用对肠道感染有效的抗菌药物、微生态制剂、肠黏膜保护药。一般治疗1周，大便检查正常可以停药。辅助治疗为退热及液体疗法。
细菌性痢疾是由痢疾杆菌引起的一种肠道传染病，大便通常带有黏液，伴有发热、腹痛及里急后重。 严重的中毒型痢疾可以出现高热、、神志障碍，尤其小婴儿，反而没有或轻度腹痛、腹泻。痢疾患儿大便检验包可表现以白细胞为主，也会有红细胞，与大肠杆菌只有通过大便培养可以鉴别。治疗上基本相同。肠道感染多采用口服抗菌药，如阿莫西林、头孢克洛等。
通常在秋季发作，由病毒引起，常见于6个月-2岁的婴幼儿。临床试验证明西咪替丁联合双嘧达莫治疗小儿秋季腹泻，可明显提高临床疗效，有效缓解症状，缩短治疗时间，并且安全性较好。
是由于某些疾病需要长期应用广谱抗生素，而引起肠道菌群紊乱导致的腹泻。应考虑条件致病菌，如难辨梭状芽孢杆菌、金黄色球菌、真菌等所致的肠炎。难辨梭状芽孢杆菌肠炎大便为水样，可伴有发热、腹痛等，严重者大便排出膜状物，称为假膜性肠炎。金黄色葡萄球菌肠炎大便为水样，呈暗绿色似海水，有腥臭味，常伴专感染中毒症状。真菌性肠炎大便为水样，泡沫多，有时为豆腐渣样。一般停用抗菌药物可以缓解。为了预防和治疗这种菌群失调，可以早期使用微生态制剂。
饮食不当引起的腹泻
婴幼儿期由于添加过快过多，也容易引起食物的腹泻。这种腹泻不会 太多，也不容易引起，只需适当调节饮食即可，不必使用止泻药物。较大的几童自制力较差，不能控制饮食，常因饮食不当，暴饮暴食，过量的食物在肠道存积，吸收大量肠液，可导致腹泻。这种腹泻常伴有，多数是将这些食物呕吐或排泄出就可以缓解，不需要特殊药物治疗。如果不能进食，伴有脱水可以补液治疗，也可以用微生态制剂，有助于肠道功能恢复。
对于儿童来讲，即使是肠道外疾病，如、等也可以出现腹泻;还有些全身感染，如，也会并发肠道感染，大便也可以出现红细胞和白细胞，全身抗感染治疗的同时，可以应用肠黏膜保护药和微生态制剂。
长期慢性腹泻病因较多，有肠道感染控制不好或反复感染，还有消化酶类缺乏，肠道菌群不健全等，治疗首先要了解腹泻病因，进行病因治疗，可以给予微生态制剂恢复胃肠功能，必要时可选用收敛药、吸着药。长期腹泻导致营养物质丢失，引起，应及时补充等。
过敏性腹泻多与有关，也常伴有其他部位的过敏表现，如食用某种食物或药物就会出现腹泻，同时伴有过敏性皮疹，就应该考虑过敏性腹泻，治疗主要是停用过敏的食物或药物，可用抗过敏药物治疗。
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