在预防婴儿腹泻的研究方面，将含有比菲德氏菌和嗜热型链球菌的婴儿配方给正常婴儿餵哺，与餵哺不含乳酸菌配方一组婴儿分别做比较，发现添加益生菌的这一组比较不会有轮状病毒感染;就算有感染，其病毒从粪便排出的时间也比较短。
另外有人在给予口服轮状病毒疫苗时，同时给予乳酸桿菌LGG (Lactobacillus Rhamnosus GG)，发现给予乳酸菌可以促进肠道分泌型免疫球蛋白的产生，也就是增强了肠道局部的免疫反应。在治疗婴儿腹泻方面，近来有许多关于应用益生菌治疗婴幼儿腹泻疾病的研究，例如急性腹泻的儿童给予乳酸桿菌LGG，可以缩短水泻的天数，同时也可增加对抗轮状病毒的抗体。
人类肠道有许多细菌，大致可区分为好、坏两种，绝大部分时间会互相抗衡，保持肠道不受到坏菌影响。当坏菌影响力增强，肠道就可能发生病变;若好菌的影响力上升，肠道黏膜会形成一个天然屏障，加强肠道抵抗刺激物质的能力并减少过敏。婴幼儿的过敏症状，常常会先出现在皮肤，当症状越来越严重，才会逐渐出现在唿吸道。
当婴幼儿的身体接触到某些刺激物质会引起过敏，常会表现在皮肤上，出现异位性皮肤炎或湿疹。因此婴幼儿可藉由益生菌保护肠道，减少异位性溼疹的发生;但唿吸道过敏严重的青少年或成人，因身体伤害已经造成，无法依赖益生菌改变过敏体质，所以益生菌对于避免鼻塞或气喘的效用不大。
常常有家长询问宝宝需要特别补充益生菌吗?
胎儿在出生前肠道内并没有菌丛，但在出生的过程中，母亲的産道及周围的菌丛就会传递给婴儿;加上母乳的餵食，宝宝通常可以在一岁前建立肠道菌丛的生态。乳酸菌和比菲德氏菌都属于肠道益生菌，新生儿可以从母乳中获得;此外，母乳中也含有许多的「益菌生」，可促进肠道中「益生菌」的生长，抑制坏菌数量，因此，哺餵母乳能够获得许多的益生菌并促进幼儿肠道健康。
随着年龄的增长，益生菌常随着粪便的排泄而流失，因此就像存款一样，消耗用掉后就必须再补充进来，以维持足够的益菌数量在肠道中。一般而言，益生菌在肠道中的数量须至少维持十亿个，才有保健的作用，因此购买益生菌的产品时，必须注意内含益生菌的总量，以免无法达到预期的效果。
水可载舟，亦可覆舟，虽然益生菌在正常健康的人身上或许会有益处，有助减缓儿童的腹泻，但是益生菌也是细菌，对于免疫功能不全或低下的患者、极度虚弱的早产儿在使用益生菌时要特别留意感染的风险，因为益生菌也可能会留在血液中，进而引起败血症、心内膜炎等疾病。
因此，孩童若有疾病必须经由医师诊断，循正规的治疗，并在需要时配合使用益生菌才会有帮忙，而非只依赖益生菌就会有效。如何真正不花冤枉钱而能正确利用益生菌来促进婴幼儿的健康，则有赖于家长正确的认知，并充分和医师沟通配合。
