祛寒止痛
包括温中温经，用于经脉寒凉引起的头痛、腹痛、痛经，温经肝经；凡胃寒或温中脾胃寒者均可广泛使用。用于肝脉寒滞所致的各种疼痛综合征。本品能散肝经寒邪，缓解肝经郁结，是治疗肝气郁结所致疼痛的重要药物。治寒疝腹痛，常与茴香、川楝子、木香等药同用，如道芪汤。治厥阴头痛，常与人参、生姜同用，如吴汤。与桂枝、当归、川芎配伍，用于治疗冲任虚寒、血瘀所致的痛经，如温经汤。常与木瓜、紫苏叶、槟榔同用，如纪明散，若寒、湿、脚气肿，或上腹。有轻微的行气作用，但倾向于止痛。
扶阳止泻
苦燥，用于泄泻、泄泻、虚寒泄泻。本品能温脾补肾，助阳止泻。是治疗脾肾阳虚，五月泄泻的常用药。常与补骨脂、肉豆蔻、五味子等配伍，如申思丸。阳虚寒泻最适合壮阳散寒，止痛祛湿。
可用于寒温引起的各种疾病，如《本草纲目》:“苦、苦、燥，性温散寒；酷暑干燥变硬。所以所治之病，皆取自散寒温、燥湿解郁之功。”
过滤后，将吴茱萸蒸馏液、汤剂、颗粒剂静脉注射入正常家兔、正常犬、实验性肾性高血压犬，每只犬2 ~ 4克生药剂量，降压效果明显，持续时间长，一般可达3小时以上，灌胃给予汤剂的降压幅度小于静脉注射。吴茱萸的降压作用主要是扩张外周血管，降低外周血管阻力，与组胺释放有关。
研究表明，吴茱萸中含有的吴茱萸碱是苦味的，具有苦味和健胃作用，吴茱萸中含有的挥发油具有芳香健胃作用。吴茱萸甲醇提取物具有抗大鼠水浸应激性溃疡的作用；该汤剂还具有抗盐酸胃溃疡和消炎痛加乙醇胃溃疡的作用，并有抑制水浸应激和幽门溃疡结扎形成的趋势。吴茱萸对离体小肠活动有双向作用，低浓度时兴奋，高浓度时抑制自发收缩，不仅能拮抗尼古丁、毒扁豆碱、乙酰胆碱、组胺、氯化钡、酚妥拉明、利血平对离体小肠的兴奋作用；还能拮抗六碳季胺、阿托品、肾上腺素对离体小肠的抑制作用，但不能拮抗苯海拉明、罂粟碱、维拉帕米、美三通对离体兔小肠的抑制作用。
吴茱萸中的拟交感成分能使离体子宫松弛，而不含拟交感成分的残液能兴奋大鼠子宫，抵抗羟福林的松弛作用。用于兴奋子宫的成分有去氢吴茱萸碱、吴茱萸次碱和吴茱萸次碱。脱氢吴茱萸碱可能是5-羟色胺受体激动剂，其子宫刺激作用可被二甲基麦角胺阻断，但不能被阿托品阻断。
它主要具有镇痛作用，其镇痛成分为吴茱萸碱、吴茱萸次碱、异吴茱萸碱和演化内酯。静脉注射吴茱萸10%乙醇提取物可提高家兔体温，也可提高家兔牙髓电刺激引起的口肌挛缩阈值，其作用强度与氨基比林相当。吴茱萸汤5g/kg、20g/kg能显著延迟疼痛反应时间，2.5内不能消失。口服吴茱萸有抗吐作用，与生姜一起服用可以加强这种作用。但也有报道称，分别给犬服用吴茱萸汤和丙酮提取物，对4%硫酸铜引起的犬呕吐无催吐作用。
吴茱萸功能广泛。还能疏肝理气，对心血管系统有降压作用。其醇提物在体外对蛔虫有显著作用，同时也有较强的抗菌作用。因为硬而温，所以和其他中药结合起来有很多好处。
吴茱萸毒性小，含有多种生物碱，可兴奋中枢神经系统，大量可引起神经幻觉和视力障碍。
副作用表现
服用后可出现猩红热样药疹，表现为肢体灼热、瘙痒、不适，出现针尖大小的鲜红色丘疹，受压消退，颈前与上胸融合成片，边界不清，皮肤温度升高。
中毒后的主要症状有:强烈腹痛、腹泻、视力模糊、幻觉、脱发、胸闷、头痛、头晕或皮疹。
阴虚火旺者不宜服用。
