1966年夏初，在革命造反派的监督下，等老师从原北京“六一”学校挖出了李的墓。令人惊讶的是，李的棺材里只有一个头骨，却没有发现骨头。
只有头盖骨而没有身体的李，不可能是病死的。唯一的原因是他可能死于“杀人”。
总结起来，关于李为什么被杀，有三种说法。
第一，他们是被革命者杀死的。因为在斗争中支持慈禧太后和光绪皇帝，他攻击帝党，甚至有人认为是他毒死了光绪皇帝。但也有学者提出异议，认为李没有参与朝廷的党派之争，不能得罪革命派。关键是他死的时候已经出宫3年了，对政治没有影响，杀了他也没有意义。
二是被蒋朝宗、萧所杀。这个说法主要是严一民先生的观点。他甚至在文章中引用了蒋超宗之子提供的“细节”，说当时的九门提督蒋超宗请李吃饭，然后派人在北京后海杀了他。支持这种观点的人认为，蒋超宗是袁世凯的心腹，而萧是李的接班人。两个人出于不同的目的杀了李。事实是，李曾经得罪过袁世凯，所以袁可能会指示自己的亲信下手；另一方面，小张德为了争夺自己的继承权，有杀人的动机。然而，有人立即反对这种说法。
有学者说，蒋超宗宣彤在陕西汉中镇掌管总兵两年，直到1912年才回到北京担任北洋政府的北京卫戍司令。江朝宗千里之外，不在所谓“九门提督”。你怎么能邀请李去吃饭并设下一个局来杀他呢？同时，也有人认为小和李没有合作，没有利益冲突，没有杀人动机。最有意思的是，有人说人一般都是手拿着头杀人，但是手拿着身体怎么走路呢？
第三，他在去山东讨债的路上被一场对峙打死。这一观点也受到了众多专家的质疑。以李的财富地位，他怎么可能亲自出去讨债？然而，支持这一观点的人有新的话要说。他们说李有一个侄孙女，嫁给了山东无棣县。他去山东看望侄孙女，顺路去了泰山，在鲁冀边境被杀。当时跟在后面的两个随从吓得魂不附体，只把李的头和行李带回了北京。类似于这种观点，有人说李离开皇宫隐居后，也想出去。比如他一直感激慈禧太后，每年都去东陵看慈禧陵，结果半路被杀。他的头被扔到了李在北京家的门口。
从这些传说和观点中，我们可以大致梳理出以下线索。首先，李死于他杀是事实。他因病去世的说法只是家人的说法，不可信。第二，李死于仇人之手。虽然李为人圆滑又机警，但敌人还是不少。“向右倾斜”的人一定是爬到了别人的身上。敌人可以是革命者，可以是宫中同僚，也可以是袁世凯指示的人。其实最有可能杀他的人是光绪皇帝的弟弟，当时的国家摄政王淳亲王，他杀人也有一定的动机，因为有人说是李毒死了光绪皇帝，为弟弟报仇。至于对抗，有点牵强。第三，李被杀的具体地点不详。因此，很有可能凶手把李的头扔了回去。找不到尸体的李家志只好埋首埋壳。
