自收自支事业单位随着事业单位分类改革，生产经营单位将改为企业，自收自支事业单位、自收自支事业单位、自收自支事业单位将被取消。事业单位撤销，单位改为企业，自收自支、自负盈亏事业单位的设立撤销，不再使用。
自收自支机构撤销后，根据职能不同，将管理和执法职能分配给相应的机构，而将生产经营和中介服务等其他职能改为企业，实行管办分离。事业单位不再承担生产经营职能，今后也不再设立承担生产经营的事业单位。
机构改革后，自营编制被取消。根据《机构编制法》的规定，除法律规定的行政、事业编制类型外，地方政府不得自行核定使用编制类型。使用自收自支编制的原工作人员，2002年以前通过就业分配的高校毕业生，以及录用后进入事业单位序列的正式职工和军队离退休人员，可通过分流安置，或随职能转移安置到其他事业单位。地方政府招聘的合同工和编外临时工，要么随着企业改制重新录用，要么自主择业创业。
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