1.故事开始于张翠山夫妇回到中原，张无忌被玄冥的两位老人带走。张无忌被关在武当山脚下的房子里。他通过调查房子的门离开了小屋，然后从地图右上角的出口去了武当山(故事可以在山路上的战斗中继续，输赢皆可)。武当山上，张翠山夫妇自杀，张无忌因寒毒晕倒在大殿上。
2.两年后，无忌醒来，去紫霄殿内殿找张三丰。谈话结束后，他又去找宋远桥、于连洲、张松溪三人传授武功，并给了他们云梯纵、六合锦、武当长拳、小秦寿的秘籍(只有有了秘籍才能练脉)。然后去找张三丰，张三丰会带无忌去少林获取九阳神功的秘密。去少林途中的战斗，让张三丰轻松解决了所有敌人，但少林寺三大和尚断然拒绝了张三丰的要求。无奈之下，张三丰只好带无忌回武当，途中路过汉水，救了常遇春。作为救命之恩，常遇春决定带无忌去蝴蝶谷找胡青牛治病，同时救下的周芷若被张三丰带回武当。
3.在蝴蝶谷，胡青牛拒绝治疗无忌，常遇春受伤。无忌与孩子交谈，知道在毒花林和草药林中可以找到何首乌、紫河车、大黄制成的紫雪鲍丹，以拯救常遇春。两个林子里的妖怪只要学会武当九阳功夫，牵手，就不难比拼了。成功拿到自己需要的东西再回去治疗常遇春。
4.两年后，无忌遇到纪等人求医。无忌先给了她一点治疗，然后向胡青牛请示。胡青牛没有治好非明教基础，但无忌会巧立方子，然后在《草药与毒花林》里找到桃仙、大黄、五味子、五灵脂、熊胆、玉蜂浆，让孩子配药。然而，那天晚上发现有人下毒。第二天，经与纪商议，得知金花母亲害了这些门派的人。胡青牛得知此事后，急忙去救王难姑。根据胡青牛的处方，胡青牛与王难姑讲述过去的故事将会发生。之后，金花妈妈到了，在无忌的帮助下，金花妈妈低声回敬，于是无忌上了医毒课。
5.灭绝师太来到蝴蝶谷，让纪杀了。纪宁死也不被灭种。临终前，她让无忌带杨不悔去昆仑山找杨晓。
6.前往昆仑山途中被毒死的詹春、苏羲之，可以通过寻找南兴来解毒。地图下方有一个郎中，是他买下南兴的。解毒之后，他们会一起去昆仑山。看了何太冲，知道他五姨病重，就医。无忌需要灵芝兰诊断病情。在房子边上打一条蛇就能得到凌志兰。然后何太冲设宴，但酒席上的酒有毒。无忌保护杨不悔，巧妙地逃出昆仑。在山脚下，何太冲和他的妻子来杀他，及时救了他，使杨的父女得以团聚。无忌将纪之死的真相告诉了，便离开了昆仑山。
7.无忌在回来的路上迷了路，在出口撞倒了一只狗来救小猴子，但无忌受伤晕倒了。一觉醒来，发现自己在莲花村，朱武，去大厅看卫壁和吴英拜年。然后无忌偷听了谈话，却因为笑而被迫动手。获胜后，朱长龄前来为无忌辩护，然后告诉朱九真照顾无忌。
8.第二天，假金狮王来到朱武庄出事，无忌识破了他，说出了他的真实身份。就在大家准备和无忌一起去冰火岛的时候，一天晚上无忌跟着朱九真，发现了他们想通过无忌的手抓住屠龙刀的阴谋。无忌被迫在正殿与朱长龄交战，在逃离朱武庄时与朱长龄坠崖。
9.醒来后，无忌在沈婧峰谷，打败白熊后发现一只死去的白猿。然后，他在肚子里发现了九阳真镜。然后开始练这个功，成功后又去找朱长龄，但无忌是朱长龄设计的，摔断了腿。无忌在一个村子里遇到了一只蜘蛛。这时无忌化名曾。没多久，一群人来找蜘蛛报仇，无忌开枪偷偷击退。就在蜘蛛要带无忌出谷的时候，遇到了灭绝师太。灭绝把他们带到了沙漠。在灭绝教与明教的争斗中，无忌挺身而出，接过了灭绝教的三只手。然而，蜘蛛在关键时刻被韦一笑带走了，无忌迅速追了上去，但韦一笑没有追上，而是在沙漠边缘遇到了包和尚。之后，无忌被放入干坤袋中，带到明教精英所在的光明顶室。但所有人都遭到了成昆的伏击，无忌及时回击了成昆，把他追到了明教的秘密通道。在秘密通道中，无忌遇到了杨不悔和小昭，杨不悔匆匆赶到大会堂，而无忌和小昭则继续追赶成昆，但他们陷入了陷阱。在寻找道路的同时，无忌在训练室获得了动干坤心神的方法(注意，只需按照剧情练好这个技能就可以离开秘道，游戏中不练也可以离开)。
10.之后需要在不同房间之间切换才能出门。光明顶密室对应如下:5号门；2号门；2号门；4号门；6号门。
