1.《仙剑奇侠传3》的故事发生在50年前的第一代《仙剑》里。当时，李三思刚刚发出了孩子的第一声啼哭；武侯还是襁褓中的婴儿，大剑师还没有拜蜀山修仙。
2.事件的起因从锁妖塔顶部突然坍塌，封印被释放开始。但是，更深层次的因果可以追溯到几千年前的神性世界。因为两个世界的冲突，神的飞鹏将军和魔的重楼将军经常碰面，一直是难分胜负，渐渐有了互相欣赏的意思。重楼提议在他发现的一个新的天体世界与彭飞决斗。彭飞因为天朝的规矩而犹豫不决，最后还是同意抵挡重楼的诱惑。两人势均力敌，比赛持续了很久，终于惊动了上天。皇帝出兵攻占彭飞认罪。彭飞被追赶者来了的感觉分散了注意力，他的剑被沉重的建筑打败了。
3.久而久之，彭飞被诸神判了刑，多次转世后成为禹州唐门新安当铺的当铺老板景甜，渴望成为蜀山大侠。同时重楼从冥界窥视人间，发现飞天天蓬转世如此卑微平凡，于是骚扰蜀山，摧毁锁妖塔，得到姜国太子龙阳铸造炼制的魔剑。景甜遇到了唐门薛健小姐，并在重楼找到了景甜。她向他挑战，把剑给了景甜，从此景甜改变了她的生活。起初，他参与了薛健家族的内部斗争和唐门与霹雳堂的斗争。后来，他遇到了蜀山的大弟子常清和他的未婚妻紫萱。藏在剑里的鬼魂也化身了。原来是龙葵，景甜前世龙阳的妹妹。
4.大家踏上了漫长的旅途，帮助蜀山找到五灵珠，封印并锁定妖塔。在这个过程中，大家互相扶持，同甘共苦，最终获得了五灵珠，打败了邪剑仙，维护了民间的和平。
