《九阴真经》不但有着传奇的来历，更有诸多不同的版本，毕竟它是一部江湖中人人垂涎的武功秘籍，传抄的人注定不少。
据王重阳所说，黄裳在悟透生死、报应的道理之后，便把《九阴真经》藏在了一个很隐秘的地方，几十年来都没有人见过它的踪影。
不知为何，《九阴真经》在南宋初年突然现世，天下学武的人当然人人都想得到它，于是为了争这本书而掀起了一场又一场的武林争斗。
在优胜劣汰之后，进入最后争夺的人选只有全真教教主王重阳、桃花岛岛主黄药师、白驼山庄庄主欧阳锋、大理皇帝段智兴、丐帮帮主洪七公无人。他们五个约定在华山比武论剑，谁的武功天下第一，《九阴真经》就归谁。
华山论剑的结果大家很清楚，王重阳力压群雄，所以《九阴真经》就归了他。
王重阳拿到的《九阴真经》应该就是黄裳的原版。
王重阳并没有练习《九阴真经》上的武功。他觉得此书既然引起武林纷争，不如毁去。但他最终并没有毁去前辈大师的心血，并且在临终的时候嘱咐师弟周伯通将《九阴真经》的上下两卷藏妥。
周伯通遵照师兄指示，藏妥了《九阴真经》的上卷。当他打算将下卷藏在雁荡山中的时候，途中遇到了黄药师夫妇。
黄药师使诈，用“弹指神通”的游戏手法赢了周伯通，使他将《九阴真经》下卷拿给妻子冯蘅看一下。
黄药师的妻子冯蘅有过目不忘的本领，她用了一个多时辰，就将《九阴真经》背得滚瓜烂熟。然后夫妻两个一唱一和，激怒了周伯通，让他误以为这本《九阴真经》根本就是一本卜卦算命的书。周伯通果然上当，当场将《九阴真经》下卷的原版撕了粉碎。
然后冯蘅在周伯通离开后，凭记忆默写出《九阴真经》的下卷。这样，黄药师便通过这种瞒天过海的办法，拥有了《九阴真经》下卷。
但毕竟这部下卷不是原版，可以算作是原版的盗版。
因为只有下卷没有上卷，所以黄药师并没有练习下卷上的武功，而是将它束之高阁。结果就被陈玄风和梅超风两个弟子给偷了去。
然后，冯蘅只得凭借记忆再次默写，但此时毕竟离当日强记《九阴真经》原版有些时日了，而且此时冯蘅身怀六甲，她所默写出来的内容跟原版是否完全一致，这很难说。
应该算是二次盗版。
且不说冯蘅因为强行默写这卷书而香消玉殒，单说拿到初次盗版的梅超风、陈玄风。陈玄风将经文图形用针刺在自己的身上，他死后，梅超风将他的皮割了下来，自己拿着。
这个版本应该算是初次盗版的人皮版。
结果这个人皮版到了郭靖手中，郭靖在周伯通的口授下，练习了《九阴真经》的武功——由此，我们可以得知，郭靖练习的九阴真经，基本上是上下卷的《九阴真经》，但他用火烧了下卷的一部分经文，因此恐怕他并没有练到全部的九阴真经。
后来郭靖为了救洪七公，将《九阴真经》半真半假地写给了欧阳锋，此版算是骗人的假的一版。
除此以外，王重阳曾在活死人墓刻下《九阴真经》的部分经文，后来杨过、小龙女学到，杨过还传给了后人。所以，《倚天屠龙记》中的黄衫女出手的就是厉害的九阴真经。
这个版本可以算作是活死人墓版。
对于《九阴真经》练习最全的郭靖，后来在襄阳城破时，书写全经藏在了倚天剑中传世，黄蓉辅助他，创造出速成版本的九阴真经，后来周芷若学到的就是这一版。
