医用口罩灭菌级和非灭菌级主要的区别是灭菌程度和标准的不同，非灭菌级的口罩表示医用口罩生产出来以后没有经过灭菌处理，口罩上面可能会有其他的细菌。而医用口罩灭菌级是经过灭菌处理的，因此防护功能更好一些。
医用口罩非灭菌意味着医用口罩生产出来后上面可能还有别的细菌。如果经过灭菌，口罩在包装内有效期内就是无菌的，用的时候内面对着口鼻，外面隔离病毒，这才有效，至于能不能防病毒，取决于口罩不同类型。其次，灭菌型的口罩外表类似于具有过滤毒气细菌的防毒面具，而非灭菌的就是一般的防尘防雾霾口罩。
灭菌性和非灭菌性都是在无菌车间生产的，只是灭菌型的灭菌程度和标准要远远大于非灭菌型，生产车间的无菌级别要远高于非灭菌型，简单来说就是灭菌型的一次性口罩全车间进行紫外线灭菌，拥有定点监测装置，生产必须穿连体防护服，杜绝一切二次污染。非灭菌型基本在无尘车间生产。
