发豆芽时变成红色，是因为在育芽过程中，豆芽遇到了阳光，是豆芽表皮部分溶出的酚类物质在空气中氧气作用下发生氧化聚合的结果。如果豆芽根部变红，可能是存放温度较低的原因。
豆芽在发芽过程中，存放环境的温度可以保持在23摄氏度左右，同时要保证遮光，使豆芽避免接触到阳光照射。因为温度较低和接触阳光，都有可能使发芽的豆芽变成红色或粉红色。
在豆芽发芽的过程中不要总是打开盖子查看进度，因为每次打开盖子的时候都会让绿豆芽见光。尤其是将发芽容器置于光线较强的地方时，更不能轻易打开盖子查看，以免豆芽接触阳光后变成红色。
发豆芽要选取颗粒饱满且无外伤的豆子，以确保发出豆芽的品质。容器排水效果要好，不能让豆子泡在水中，但又要维持足够的湿度。豆芽发好之后，要及时收获，避免长时间接触水分，使豆芽变质。
