生殖器疱疹是一种可反复发作的疾病，对病人的心理和健康会产生很大的影响。妊娠期孕妇患病的话，还容易通过胎盘及产道感染新生儿，导致新生儿先天性感染。
对胎儿的影响
妊娠期生殖器疱疹致新生儿受累者，85%通过感染的产道引起胎儿感染，10%为产后感染，只有5%为宫内感染，后者主要经胎盘或生殖道上行性感染所致、胎儿感染的风险与生殖道HSV感染状况、HSV型别、损伤性产科操作和孕妇感染时的孕周有关。
原发型HSV感染对胎儿的危害较大，而复发型HSV对胎儿及婴幼儿的危害性小。孕妇近分娩时患生殖器疱疹，母儿传播率为30%~50%，而有复发性疱疹病史或在妊娠早期患生殖器疱疹的孕妇，母儿传播率不到1%。
多数原发性生殖器疱疹在妊娠早期并不会引起自燃流产或死胎发生率升高，但在妊娠晚期可导致早产。新生儿感染者，35%感染局限在眼部或口腔，30%发生脑炎等中枢神经系统疾病，25%出现伴有多个重要脏器损害的播散性疾病，幸存者中20%~50%出现严重发育障碍和中枢神经系统后遗症。
预后影响
生殖器疱疹分为原发性和复发性，复发几率较高。所以要尽量避免复发的诱导因素（如饮酒、吸烟、劳累、受凉、性生活过频、辛辣刺激食品）。
