常规的作图软件比如Origin、Prism包括Excel其实都可轻松完成火山图、九象限图的绘制,参考之前的《Graphpad Prism能不能画火山图?》和《Graphpad Prism能不能画九象限图?》两篇文章。
作图容易但难的是数据的准备!在R语言中有专门的函数如which、intersect、union等用于多条件的筛选,比如可以轻松选出p<0.05且|log2FC|>1这样的数据,为火山图、九象限图等的绘制做准备。
如何筛选作图所需的分组数据呢?Excel的高级筛选功能其实也可以轻松完成。接下来我从规则说明和案例实操两个部分为大家介绍Excel的高级筛选功能。至于普通筛选,嗯,太简单,这里不做介绍。
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筛选规则
通过点击数据选项卡下的高级按钮可进入数据的高级筛选窗口。
在高级筛选的窗口中。可指定数据区域、筛选条件区域和筛选结果区域,如下,其中条件区域最为关键,也是本文的核心内容。此外,结果区域如果事先输入指定的列名,筛选结果会只有这些列,如果不指定,则会输出数据区域的所有列。
单个变量的并集
有两种方式实现并集,比如下面的小例子,通过将两个条件写在不同的“行”,可筛选出Log2FC>1或Log2FC<-1的数据,第一种方式如下:
第二种方式是将两个条件写在“同列不同行”,也会得到相同的筛选结果:
单个变量的交集
如果把两个条件放在同一行则表示“交集”,比如下图的案例表示可筛选出Log2FC>-1且Log2FC<1的数据。
这时你可会问,如果行列同时存在呢?Excel会优先考虑“行”方向的条件,也就是先计算“交集”,再计算这些“交集”的“并集”,我们接着看下面的例子。
两个变量的集合运算
下面的例子是分别筛选出id>3且Log2FC>1的数据和id<8且Log2FC<-1的数据,然后二者取并集。
而下面的例子则是分别筛选出-1
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案例实操
学会了上面筛选的规则,绘制一些分组散点图比如火山图、MA plot、九象限图等就可以使用常规传统科研作图软件进行绘制了。我这里给出九象限图数据的一种Excel筛选数据的方法,范例数据已经上传到OmicShare论坛,感兴趣的童鞋可以下载下来自己练习。
下载链接:
https://www.omicshare.com/forum/thread-5323-1-1.html
针对上图每个象限相应数据的筛选条件,可参考下图的条件区域。需要注意的是,这里是针对P<0.05的数据做出的进一步筛选。
在科研、工作和日常学习中,Excel绝对是数据筛选和整理的利器,所谓的高级筛选技能你学会了吗?
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